این بنا در اوایل قرن یازدهم هجری در زمان سلطنت شاه عباس تعمیر گردید . در زمان نادر شاه افشار نیز تعمیراتی بر آرامگاه انجام گرفت . اما بنیادی ترین کار در زمان کریمخان زند بر روی آرامگاه انجام گرفت. او در سال ۱۱۸۹ ه.ق. ساختمانی اساسی بر روی آرامگاه حافظ ساخت . ساختمان او به شیوه ی بناهای زمان زندیه دارای تالاری با چهار ستون سنگی یک پارچه بود که از طرف شمال و جنوب گشاده و در دو طرف چپ و راست آن دو اتاق ساخته شده بود به گونه ای که مقبره ی حافظ در شمال تالار قرار می گرفت و در جنوب آن باغی بزرگ نمایان بود . این چهارستون با ارتفاع ۵ متر هنوز هم در وسط تالار مقابل پله ها با نقوش رنگ باخته اما زیبا خودنمایی می کنند . همچنین کریمخان دستور داد تا سنگی از جنس مرمر برای قبر خواجه بتراشند و پس از آماده شدن سنگ دو غزل از غزل های حافظ را به خط نستعلیق که توسط حاج آقاسی بیگ افشار آذربایجانی نوشته شده بود ، بر روی آن حجاری کردند که این سنگ هنوز هم بر روی قبر قرار دارد . ابعاد این سنگ ۴۰ *۸۰*۲۶۶ سانتی متر است . در بالای کتیبه ی سنگی و در میان ترنجی این جمله نوشته شده است : ” انت الباقی و کل شی هالک “.

در زیر آن غزلی زیبا از حافظ در ۱۲ سطر با مطلع :

مژده ی وصل تو کو کز سر جان بر خیزم

طایر قدسم و از دام جهان برخیزم

و دور آن نیز غزلی دیگر با مطلع :

ای دل غلام شاه جهان باش و شاه باش

پیوسته در حمایت لطف اله باش

نوشته شده است . همچنین در دو گوشه ی بالای سنگ ، این دو مصرع نوشته شده است :

بر سر تربت ما چون گذری همت خواه

که زیارتگه رندان جهان خواهد بود

و در گوشه پائینی سنگ دو مصرع زیر نوشته شده است :

چراغ اهل معنی خواجه حافظ

بجو تاریخش از خاک مصلی

که خاک مصلی به حساب ابجد بیانگر تاریخ وفات حافظ است .

پس از حکومت زندیه نیز افراد زیادی آرامگاه را تعمیر و مرمت کردند که برخی از آنان عبارتند از :

– در سال ۱۲۷۳ ه.ق. تهماسب میرزا ( مؤید ) حکمران فارس آرامگاه را تعمیر و مرمت کرد .

– در سال ۱۲۹۵ ه.ق. مرحوم فرهاد میرزا ( معتمدالدوله ) فرمانفرمای فارس معجری چوبی بر آرامگاه خواجه نصب کرد .

– در سال ۱۳۱۷ ه.ق. ملا شاه جهان زرتشتی ( اردشیر ) ساکن تهران بخاطر علاقه ای که به حافظ داشت بر مزار او رفته و تفألی به دیوان حافظ می زند که شعر زیر می آید :

ای صبا با ساکنان شهر یزد از ما بگو

کای سر حق ناشناسان گوی میدان شما

وی از این شعر خوشش آمده و تصمیم می گیرد بقعه و بارگاه مجللی بر روی قبر حافظ بسازد . به همین منظور مشغول به کار می شود و معجری بر فراز قبر می سازد ولی یکی از سادات متظاهر وقت به جرم آن که چرا یک شخص زرتشتی ( گبر ) می خواهد قبر حافظ را بسازد ، آن بنا را خراب کرد و شخص بانی را از این کار باز داشت . ( گفته شده است در آخر عصایش را به قبر حافظ می زند و خطاب به او می گوید : درویش می خواستند تو را نجس کنند ، نگذاشتم !)

هنوز آثار افتادن چوب بست ها بر روی سنگ قبر به صورت شکستگی در سنگ به چشم می خورد .

– در سال ۱۳۱۹ ه.ق. شاهزاده ملک منصور ( ملقب به شعاع السلطنه )‌ والی فارس معجری آهنین بر قبر حافظ ساخت و کتیبه ای را نیز بر بالای آن قرار داد .

– در سال ۱۳۱۰ خورشیدی فردی به نام دبیر اعظم بهاری که استاندار فارس بود ، سردر حیاط جنوبی و نارنجستان ان را سروسامان داد ، همچنین خیابانی در جلو آرامگاه احداث کرد و نام آن را« خرابات» گذاشت که بعدها به گلستان تغییر نام پیداکرد .

– در سال ۱۳۱۴ خورشیدی به کوشش مرحوم علی اصغر حکمت شیرازی (وزیر فرهنگ وقت) وعلی ریاضی (رئیس فرهنگ وقت) طرح نقشه ی آرامگاه حافظ ، به شکل کنونی آن با طراحی و نظارت مهندس « آندره گدار» شرق شناس و ایران شناس بزرگ فرانسوی تهیه شد و به مرحله ی اجرا درآمد و در سال ۱۳۱۶ به اتمام رسید.

طبق این نقشه در تالار ، چهار ستون وسط که در زمان زندیه احداث شده بود ، از دوطرف امتداد یافت و حافظیه به دو محوطه ،شامل باغ در جنوب، تالار و آرامگاه در شمال آن تبدیل شد.

در این ساختمان عمارت قدیمی کریم خان زند به صورت تالاری درآمد که ۵۶ متر طول دارد و به وسیله ی ۲۰ ستون سنگی بلند نگه داشته می شود که چهارستون یک پارچه ی کریم خانی در میان این ستون ها قرار دارد و ۱۶ ستون دیگر دوتکه است که در سال ۱۳۱۵ شمسی ساخته و نصب گردیده است.